完乗後

JRを含め日本の鉄道を全て乗っているわけですが…

一度（片道）しか乗っていない線
札沼線　石狩当別～新十津川
八戸線　本八戸～久慈
花輪線　好摩～大館
釜石線　花巻～釜石
山田線　盛岡～宮古
大船渡線　気仙沼～盛
気仙沼線　前谷地～気仙沼
仙石線　苦竹～石巻
米坂線　坂町～米沢
水郡線　上菅谷～常陸太田
大糸線　南小谷～糸魚川
姫新線　姫路～東津山、津山～新見
木次線　宍道～備後落合
芸備線　備後落合～備中神代
三江線　江津～三次
福塩線　神辺～塩町
美祢線　長門市～厚狭
山陰本線　出雲神西～江南、江津～益田、長門市～幡生
筑豊本線　桂川～原田

多分、これだけだと思う。